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使用GPU加速RELION進行生物結(jié)構(gòu)解析

NVIDIA英偉達企業(yè)解決方案 ? 來源:NVIDIA英偉達企業(yè)解決方案 ? 作者:NVIDIA英偉達企業(yè)解 ? 2022-06-22 10:06 ? 次閱讀

NVIDIA 與智東西公開課共同策劃推出「GPU 加速高性能計算(HPC)經(jīng)典應用在線研討會」。研討會將聚焦經(jīng)典高性能計算和科學計算應用,以及如何在 GPU 平臺更好的加速這些應用。

6 月 22 日,「GPU 加速高性能計算(HPC)經(jīng)典應用在線研討會」第二場將開講。

此次研討會將重點探討冷凍電鏡三維圖像數(shù)據(jù)處理軟件 RELION、電子結(jié)構(gòu)計算和納米尺度材料建模的開源計算軟件包 Quantum Espresso 和 HPC 數(shù)據(jù)可視化工具 ParaView & IndeX 在 GPU 上的安裝、部署和優(yōu)化加速方法。

主要內(nèi)容

高性能計算在重大科學發(fā)現(xiàn)的前沿基礎(chǔ)科學研究領(lǐng)域已逐漸成為不可或缺的重要手段之一。從分子動力學模擬、生物制藥、材料電子結(jié)構(gòu)計算、材料模擬到生命科學,都離不開高性能計算的支持。

高性能計算和科學計算的過程往往伴隨著龐大的數(shù)據(jù)量以及高計算力需求,也誕生了一些面向不同領(lǐng)域的應用軟件,比如 LAMMPS、 GROMACS、 VASP 和 NAMD 等,能夠幫助科學家跨領(lǐng)域開展工作,加快科學發(fā)現(xiàn)速度。

這些應用軟件都針對 GPU 進行了專門優(yōu)化,同時可以借助 CUDA、 OpenACC 和 GPU 加速的數(shù)學庫來提升運行效率。因此,科學家可以利用 GPU 實現(xiàn)更快的結(jié)果,同時大幅減少編程工作量。有實踐表明,針對分子動力學、量子化學、生命科學等前沿基礎(chǔ)科學研究,代碼在 GPU 上的運行速度將能提升 3~10 倍。

本次研討會將重點探討冷凍電鏡三維圖像數(shù)據(jù)處理軟件 RELION、電子結(jié)構(gòu)計算和納米尺度材料建模的開源計算軟件包 Quantum Espresso 和 HPC 數(shù)據(jù)可視化工具 ParaView & IndeX 在 GPU 上的安裝、部署和優(yōu)化加速方法。

在線研討會時間

6 月 22 日,星期三,13:30 – 16:15

重磅話題

使用 GPU 加速 RELION 進行生物結(jié)構(gòu)解析

GPU 加速 Quantum Espresso 進展及應用

GPU 加速 ParaView & IndeX 可視化體數(shù)據(jù)

演講嘉賓

石道辰

NVIDIA 解決方案架構(gòu)師

負責 NVIDIA 高校與教育科研的合作項目與研究。主要研究與工作方向涵蓋高性能計算編程實現(xiàn)與 CUDA/OpenACC 程序優(yōu)化;高性能計算或者人工智能在生物學當中的應用;深度學習與系統(tǒng)應用、計算機視覺視頻分析等。

況呂林

NVIDIA 解決方案架構(gòu)師

負責 NVIDIA 教育科研等行業(yè) GPU 計算解決方案設(shè)計與應用研究,方向包括 GPU 在高性能計算、深度學習和數(shù)據(jù)科學等領(lǐng)域的應用, CUDA/OpenACC 的應用程序移植和性能優(yōu)化, GPU 的分布式并行計算加速等方面。

匡磊

NVIDIA 解決方案架構(gòu)師

曾就讀于北京郵電大學、美國哥倫比亞大學,主要方向為機器人與人工智能,高性能可視化等。

原文標題:公開課 | GPU 加速高性能計算經(jīng)典應用研討會 (二)

文章出處:【微信公眾號:NVIDIA英偉達企業(yè)解決方案】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

審核編輯:湯梓紅

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原文標題:公開課 | GPU 加速高性能計算經(jīng)典應用研討會 (二)

文章出處:【微信號:NVIDIA-Enterprise,微信公眾號:NVIDIA英偉達企業(yè)解決方案】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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