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AMBER是一款主流的分子動力學(xué)模擬軟件，用于研究分子體系內(nèi)的微觀運動狀態(tài)。為利用神威太湖之光的海量計算資源加速 AMBER軟件模擬分子體系的運動過程，將 AMBER軟件移植到SW26010處理器的主核上建立主從加速模型，實現(xiàn) AMBER軟件的從核并行化設(shè)計。在從核并行化的基礎(chǔ)上提出主從異步流水化方案，利用Sw26ol0處理器從核的局部數(shù)據(jù)緩存和直接內(nèi)存存取通道技術(shù)，解決從核訪存速度過低及并行訪存帶寬受限的問題，并通過SIMD指令將部分從核代碼向量化，進一步提升 AMBER軟件在神威太湖之光平臺上的計算性能。測試結(jié)果表明， AMBER熱點函數(shù)的計算性能較優(yōu)化前約提升1倍，單校組的整體性能較 Intel Xeon platinum8163約提升4.6倍。
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