其實，政府和企業在采用RFID技術時也存在一些不足和隱憂。目前，鐵道部車的自動識別系統是封閉，如果它是開放的，這將非常有利于推動物流業的信息化，促進物流更加便捷通順，讓物流與信息有效整合起來。

由于工作在低頻和受張貼物的材質的限制，在遇到一些磨損、水封或者磁化等干擾問題時，識別效果很容易受到影響，甚至當批量的產品同時經過API識別裝置時，也很有可能出現丟讀、錯讀的情況。廣州、上海、四川雖然給生豬及豬肉刻上了電子標簽，但對于市民來講，價格和電子標簽閱讀的方面都存在一定問題。

香港機場管理局也由于成本過高和讀取率較低，導致RFID計劃并未獲得航空公司的普遍支持，測試成功尚需時日，正式運營更是遙遙無期。香港機場管理局對RFID技術有著巨大的業務需求：隨著香港國際機場的客運量不斷增加，正在使用中的行李輸送系統，其負荷量已接近飽和。要確保機場最終處理能力每年達到8700萬人次（即每天24萬人次）的目標，有必要采取RFID技術代替。香港機場管理局RFID計劃原打算在2005年初推出。但由于未得到航空公司的普遍支持而“擱淺”。香港機場管理局認為，造成這一結果的原因一方面在于現階段使用的卷標成本太貴，香港機場管理局現時在處理行李運送的條形碼卷標，每個售價僅為15至25美分，但使用RFID的成本較前者高數倍以上，所以很難說服航空公司合作采用RFID技術。另一方面在于香港機場管理局正在測試中的系統，卷標成功讀取率只有85%，效果并不理想。這在一定程度上阻礙了航空公司與之合作的積極性，香港機場管理局相關負責人表示，只有讀取率達到百分之九十七以上方能為航空公司接受。

這些問題是RFID在推廣過程中不得不面對的問題，連世界上最大的零售商美國沃爾瑪集團也并沒有很好的調和這種矛盾，最終導致RFID應用計劃放緩，而國內的零售大腕物美集團對RFID技術也是喊得多做得少，沒有真正應用起來。