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為什么基因組是決定一個人特征的獨特遺傳密碼

lhl545545 ? 來源:英偉達NVIDIA中國 ? 作者:英偉達NVIDIA中國 ? 2020-06-10 15:46 ? 次閱讀

由NVIDIA DGX系統提供動力的Group 42超級計算機推動了國家基因組計劃的實施,用來增進對阿聯酋公民基因組的了解,提升醫療水平并抗擊COVID-19。

您有沒有想過,人體究竟由什么構成的?

基因組是決定一個人特征的獨特遺傳密碼,DNA分子的特殊組合造就了每個獨一無二的人。

研究一個人或一群人的整個遺傳密碼可以幫助我們更好地了解疾病,并通過啟用精確醫學和強大的藥物基因組學,研究基因如何影響人體對藥物的反應。

作為Abu Dhabi’s Department of Health發起的一項國家項目的一部分,Group 42正在利用Artemis超級計算機來解碼人類基因組,并改善患者護理。由NVIDIA GPU支持的Artemis是世界上速度第26快的系統。

總部位于阿布扎比(Abu Dhabi)的G42開發并部署了全面的、可擴展的AI云計算產品,并通過 Inception 人工智能研究所,對AI、大數據和機器學習進行了基礎研究。

打造世界一流的AI超級計算機通常需要6個月或更長時間。在短短三周的時間里,G42通過DGX SuperPOD參考架構和Mellanox AI網絡架構,與NVIDIA設計、構建和部署了Artemis。

人口基因組計劃

Artemis內置81個NVIDIA DGX系統,總共可以提供7.2 petaflops的雙精度HPL性能,并且運行的工作負載比G42以前的系統快120倍。

現在,超級計算機正在被用于“人口基因組計劃(Population Genome Program)”,該計劃旨在深入對阿布扎比人口基因組的科學了解,并改善該國的醫療保健情況。

迄今為止,由于缺乏高質量的阿聯酋參考基因組,對阿拉伯人口遺傳變異的了解一直是一個挑戰。人口基因組計劃將通過合成阿聯酋公民的參考基因組,來豐富可用數據。

該計劃旨在成為世界上第一個將此作為基準,并將基因組數據納入醫療管理流程的計劃。

阿布扎比衛生部主席H.E. Sheikh Abdulla Bin Mohamed Al Hamed在一份新聞聲明中指出:“擁抱創新并提供全面的醫療保健計劃仍然是我們的首要任務。世界上最令人興奮的兩項技術——DNA測序和AI,將在這個項目中融合。”

加速基因組數據處理

在該計劃的第一階段,將測試10,000個人的基因組。為了確保最準確地進行分析,將利用G42與BGI和Oxford Nanopore,這兩個全球基因組測序領導者的合作,使用短讀和長讀基因組測序平臺。

首先將采用Oxford Nanopore PromethION測序儀進行匿名DNA樣本的收集和處理。這些設備包含嵌入式NVIDIA GPU技術,可啟用邊緣AI,這有助于加速基因組數據的處理。

處理后的數據將以圖形格式提供給Artemis進行AI分析,同時,借助NVIDIA Parabricks軟件,將會得到人口分析的相關支持。

最終結果將提供給研究機構和醫學界,以幫助其為患者提供更有效的護理。這可能包括針對癌癥、精神分裂癥、自閉癥、心血管和神經元疾病等疾病的更先進治療。

G42基因組計劃主管Min S. Park說:“借助NVIDIA的GPU技術,我們能夠為國家人口基因組計劃提供高度優化的AI平臺,并加速數據處理。這項合作支持了我們制定整個阿聯酋個性化護理計劃的目標,將專家、數據和技術整合在一起,以改善患者護理。”

抗擊疫情

最近,為了抗擊COVID-19疫情,G42還利用其超級計算能力,在阿布達比馬斯達爾城(Masdar City)建立了一個新的檢測實驗室。該實驗室每天可以支持數以萬計的實時逆轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)測試。這些測試檢測了從患者身上采集的樣本中,是否存在SARS-CoV-2病毒。

此外,G42還參與COVID-19診斷試劑盒的生產、熱傳感器的供應,并與當地和國際衛生當局合作,協助制定有效的預防和檢測方案以控制該病毒。

G42首席執行官Peng Xiao表示:“技術將在遏制冠狀病毒的傳播中發揮關鍵作用,而Artemis的卓越計算能力可以在許多方面提供幫助:從快速疫苗開發(計算機模擬可以代替人工實驗,并縮短疫苗開發時間)到繪制并預測爆發趨勢,以及預測病毒突變。”
責任編輯:pj

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